Պոլ Սքոուլզը «Մանչեսթեր Յունայթեդի» երիտասարդական թիմում սկսել է հանդես գալ 1991թ. հուլսիս 8-ից և  արդեն 18 ամիս անց ստորագրել է պրոֆեսիոնալ ֆուտբոլիստի պայմանագիր: Պոլ Սքոուլզը մեծ հույսեր էր առաջացնում «Մանչեսթեր Յունայթեդի» երիտասարդական և ռեզերվի մարզիչների մոտ,հաղթելով Անգլիայի լիգայի գավաթը երիտասարդական թիմի կազմում 1992թ. և հաջորդ տարի նույն մրցաշարում ստանալով արծաթե մեդալ: Նա նաև հանդես է եկել Անգլիայի Մ18 տարեկանների հավաքականում,որը հաղթեց Եվրոպայի գավաթը 1993թ:

Սքոուլզի դեբյուտը «Մանչեսթեր Յունայթեդի» կազմում տեղի ունեցավ 1994թ. սեպտեմբերի 21-ին,Անգլիայի լիգայի գավաթի շրջանակներում «Պորտ Վեյլ» ակումբի հետ խաղում,որում նա դարձավ դուբլի հեղինակ: Նրա ամբողջական դեբյուտը տեղի ունեցավ նույն թվականի սեպտեմբերի 24-ին «Իպսվիչի» հետ խաղում,որի ժամանակ Սքոուլզը նորից երկու անգամ գրավեց մրցակից թիմի դարպասը,սակայն դա չօգնեց «Մանչեսթեր Յունայթեդին»,որը պարտվեց 2:3 հաշվով: 1994/95թթ. մրցաշրջանում Սքոուլզը հանդես եկավ մերկնարկային կազմում,քանի որ բացակայում էին Էրիկ Կանտոնան և Մարկ Հյուզը: Հաջորդ մրցաշրջանում Սքոուլզը դարձավ մեկնարկային կազմում անփոխարինելի խաղացող և նվաճեց իր առաջին գավաթները «Մանչեսթեր Յունայթեդի» կազմում`Անգլիայի պրեմիեր լիգան և Անգլիայի գավաթը,եզրափակիչում հաղթելով «Լիվերպուլին», «Մանչեսթեր Յունայթեդը» ձևակերպեց «Չեմպիոնական դուբլ»:

Պոլը աչքի ընկավ նաև հավաքականում դեբյուտի ժամանակ գրավելով Իտալիայի հավաքականի դարպասը «Ուեմբլիում»: Սքոուլզը նաև հավաքականի հետ միասին մասնակցեց Աշխարհի գավաթին 1998թ. Ֆրանսիայում,առաջին խաղում գրավելով Թունիսի հավաքականի դարպասը: Այդ առաջնությանը նա մասնակցեց բոլոր 4 հանդիպումներին:

Ասում են,որ Պոլ Սքոուլզը «Մանչեսթեր Յունայթեդի» ամենատաղանդավոր ֆուտբոլիստն է,համեմատելով նրան այնպիսի աստղերի հետ ինչպիսիք են Բրայան Ռոբսոնը և Բոբի Չարլթոնը:

Պոլը միշտ իրեն լավագույն կերպով էր դրսևորում հենց կարևոր հանդիպումների ժամանակ: 1998-1999թթ. Եվրոպական մրցաշարում նա խփեց շատ կարևոր գնդակներ «Բավարիայի» և «Բարսելոնայի» դարպասը:Բայց այդ մրցաշրջանում նրա ամենակարևոր գնդակը, դա «Ինտերին» խփաց գնդակն էր «Սան Սիրոյում» դրանով նա դառնում է առաջին խաղացողը 1984թ. սկսած որը «Սան Սիրոյում» գրավեց «Ինտերի» դարպասը Նորման Ուատսայդից հետո: Պոլը նաև Անգլիայի գավաթի եզրափակիչում իր թիմի երկրորդ գնդակը խփեց «Նյուքասլի» դարպասը: Նաև Անգլիայի հավաքականում ձևակերպեց հեթ-թրիկ «Լեհաստանի» հավաքականի հետ մրցավեճում:

1999-2000թթ. մրցաշրջանում նրա խփաց երեք գնդակները կարող էին  ճանաչվել լավագույնը,որոնք նա խփել էր «Բրեդֆորդի»,«Վեսթ Հեմի» և «Միդլսբրոյի» դարպասները: Նա այդ տարի նաև աչքի ընկավ Անգլիայի հավաքականի կազմում, և հենց նրա գոլը Անգլիացիներին դուս բերեց Եվրե-2000:

2000-2001թթ. մրցաշրջանում նրա լավագույ պահերը Չեմպիոնների լիգայում «Պանատինաիկոսի» հետ խաղերում էին,առաջին խաղում նա երկու անգամ գրավեց մրցակցի դարպասը և կատարեց 32 փոխանցում,իսկ պատասխան հանդիպման ժամանակ նա «Մանչեսթեր Յունայթեդին» փրկեց պարտությունից վերջին րոպեներին գրավելով հույների դարպասը:

Խուան Սեբաստիան Վերոնի գալուստից հետո փոխվեց Պոլի դիրքը և նա չկարողացավ հարմարվել նոր դիրքին:

Պոլը կորցրել էր իր մարզավիճակը և չէր կարողանում գրավել մրցակիցների դարպասը:Սակայն նա այդ բացը լրացրեց,բայց դա Սքոուլզի լավագույ մրցաշրջանը չէր:

Սքոուլզը անընդմեջ 6 անգամ գրավեց մրցակիցների դարպասը և դա լավագույն մրցաշրջանն էր,նա այդ տարի նաև սկսեց իրեն ավելի լավ զգալ 4-4-3 մարտավարության ժամանակ,այն ժամանակ նա խաղում էր 4-4-2 կամ 4-4-1-1 մարտավարությամբ:

2004-2005թթ. մրցաշրջանում Սքոուլզ իր թիմի լավագույն երեք ռմբարկուներից էր դառնալով 12 գոլի հեղինակ:

2005թ. օգոստոսի 12-ին նա ստորագրեց նոր 2-ամյա պայմանագիր «Մանչեսթեր Յունայթեդի» հետ:

2006-2007 մրցաշրջանում երկրպագուները ուրախությամբ ընդունեցին նրա վերադարձը:Այդ մրցաշրջանում Պոլը փայլում էր:

Նա խփեց իր համար հոբելյանական 500-րդ գնդակ «Լիվերպուլի» հետ տնային մրցավեճում:

2008թ. ապրիլի 23-ին նա անցկացրեց իր 1000-րդ հանդիպումը «Մանչեսթեր Յունայթեդի» կազմում «Բարսելոնայի» հետ մրցավեճում,որը ավարտվեց գոլազուրկ ոչ-ոքիով,իսկ արդեն պատասխան հանդիպմանը Պոլի միակ գնդակը Չեմպիոնների լիգայի եզրափակչի ուղեգիր պարգևեց «Մանչեսթեր Յունայթեդին»:

2008թ. մայիսի 21-ին Չեմպիոնների լիգայի եզրափակիչում նա մեկնարկային կազմում էր «Մանչեսթեր Յունայթեդի» մրցակիցը լոնդոնյան «Չելսին» էր:Հանդիպման ժամանակ Պոլը բախվեց ազնվականների խաղացող Կլոդ Մակելելեի հետ,սակայն դա նրան չխանգարեց մասնակցել հանդիպմանը,87-րդ րոպեին նա իր տեղը զիջեց Ռայան Գիգզին:Հանդիպման հիմնական ժամանակը ավարտվեց 1-1 հաշվով սակայն «Մանչեսթեր Յունայթեդը» հաղթանակ կորզեց 11մ հարվածաշարով: